集智俱乐部的一次聊天

[yijun]

[url=http://swarmagents.scinese.com/]集智俱乐部[/url]的一次聊天，主事者孙涛要我写下我所说的，本来只是信口随兴而言，不值一记，但他们的惯例是要记录，只有勉为其难，想到多少算多少吧。

按照我的记忆新鲜度来写。

1，刚开始是一些泛谈，我要Jake具体谈一个他最熟悉的来自真实物理世界的研究对象，他介绍了他所了解的生态系统复杂性问题：能量流的问题。
对于生态系统的能量流，似乎是已经有一些有趣的结论，是关系到一个生态系统有意义的特征指标的。例如流动速度，效率最大化，等等。（以后最好是找个有黑板的地方，便于条理化介绍，所以我现在并没有明确的记忆，关于那些指标。）
我的问题是，假设指定一个物种内容明确的人造生态系统，不管是能量流还是其他什么，都是完全明确的了，然后向这个系统增加一个新物种，会对这个系统的指标带来什么变化？因为我的意趣是，真实的进化，是在一个生态系统中进行的，新物种的出现，肯定是带有显著的生态意义的，那么这个生态意义，究竟体现在哪些地方？作为新物种产生的诱导因素？作为整个系统的某些指标的自然演化？特别的，是一个占据新的生态位的新物种，总觉得是一种必然性在里头，一定有些来自生态系统本身的约束条件，塑造出我们可见的生态系统。
Jake的回答是，一个生态系统确实是有向外扩张，增加新物种的倾向，（这个倾向是由哪些结论、如何表现的呢？）...
有机会得进一步深入考虑这个问题。

2，就东西方哲学与科学的主题，季燕江提出了很好的问题：
不管什么样的哲学思想，甚至包括带有东方色彩的冥想内省式流派，在西方都出现过，或者说，各种思想元素，包括科学，都在西方历史进程中竞争下来，结果就是现代西方的主流与它相应的话语权系统。相对而言，东方缺乏一些元素，例如基督教那样的宗教，科学，哲学，这些都或者完全缺乏，或者非常弱。所以站在今天的立场，东方只能是先把自己所缺乏的元素尽量全面地吸收过来，哪怕是翻译，然后再把西方角度看东方传统的内容也都拿过来学习，因为西方的主流视角，已经审核了人类几乎全部的精神遗产以及物质遗产，我们作为很多元素的缺乏者，只能先全盘拿来，然后，才有机会建立自己的东西。
季的诘问非常具有挑战性。确实，在表述的层面上，西方的那个主流学术话语圈，已经竭尽所能地审核了几乎全部东方的产物，这样我们作为东方人，一开始就面临这个压力：如何审核西方主流学术的成就呢？
我当即的回答是，这种交谈应该是对称的。西方现有主流意识已经做到了全面审核东方，那么我们同样需要以东方的立场，或者换一个更精确的说话，不把自己局限在地理因素的说法，就是以精神体证的立场，来审核人类的全部精神意识产物。
然后，我提到了自己的一个小计划，就是以一个现代主义的角度，也就是人类既有现代成就的角度，来重新阐述我们的精神传统，从道、儒，到佛。
鉴于季的一个认识：所谓哲学，无所谓进步，因为西方传统的哲学已经占据了全部的地盘，而相对的是，科学是具有不得不扩张的属性。
我的解说是：所谓哲学，是人类思维权能的一个极限领域，这个思维的权能是存在一个边界的。当然，如果你完全只是使用思维的权能，你所能够感受到的边界，就是所有哲学思想不得不触礁的地方：它的基本概念，正是那些基本概念的深入程度，决定了其整个哲学大厦的规模构架。你会知道，走到一个地方，你只有止步。这就是哲学的实况。
但是，一旦你学会具有超越思维的更多的权能，你将更清晰感受到哲学的边界，或者说，语言与思维的边界，这时，你就进入了东方传统的证悟之境域。
所以，我的结论是，纯然自限于思维，要穷尽所有的可能思维领域，并不是很难，这就是所谓哲学的困境，所谓哲学至今已经难于进步的原因，尽管，已经出现很多的问题，是由于科学的进步而出现的，同样是过去的哲学所从未遭遇过的。当然，你尽可以称之为科学问题，因为它已经大体有了物理对象作为问题的依托。
那么，我可以做到，基于一个超越思维的境地，来自由审核全部的哲学与科学。

3，Jake提到有人从复杂系统的角度，从事虚拟社会的模型构建研究，我提出一个问题：
历史的实质，就是一些人的自行组织，以便于适应其生活的需求。那么我们可以以这个视角，来构建历史的模拟：从1万个人的规模，逐步发展到10万，百万，千万，...唯一的变量就是系统的数量规模，但在一些规则下，这个社会会变得越来越复杂。真实的历史告诉我们，东亚大陆上的中国这个社会，是具有与众不同的稳定性的。（季燕江反驳说，中国按照朝代来算，并非具有特别的稳定性。我回答，不能按照朝代来衡量，因为朝代并不具有结构意义，应该去看更有结构性意义的指标，例如，中国的行政区划，从村、镇、县、等等，一直往上，这个行政区划，不管什么朝代，都具有很强的稳定性，这个就能够说明中国这个社会模式的稳定性。）很常见的一个解释就是，中国社会的农业属性。那么，如果，我们以建模的方式，以复杂性系统的角度，来看这个历史进程的话，我认为，是可以找到很多有意义的系统指标，是以往的所有历史学家，所无法抓住的。

4，还有一些小玩意，回忆...哎，下次孙涛准备个mp3，或者手机都可以，录音再整理，不就完事么~~~~

5，给孙涛出了个题目：细胞里面所谓蛋白质的功能，是如何通过实验的逻辑来界定的。
因为我的意趣所在是，这个是要从大分子层面再往上走一步，必然是一个功能的理论生物学的关键之所在。我们必须清楚了解蛋白质功能，或者一般大分子功能的判定准则，才能揣摩功能如何关联起来，形成一个生命的系统的直观概念。然后，才有可能考虑理论进入的方式。

[yijun]

补充个照片：
[img]http://swarmagents.scinese.com/files/2008/01/dsc02318.JPG[/img]
从左至右：我，季燕江，jake，孙涛

[yolanda]

5, 详解?

[yijun]

仔细说一下上面第5点的我的意思：是想寻找到理论生物学进入分子生物学的功能研究的方式。

搞明白基因、蛋白质（酶）的功能，大概是分子生物学的核心模式。
那么一般通过什么方式来搞明白呢？
第一步当然就是分辨，分辨一个过程里面所涉及的是些什么大分子对象，它的组分和结构。
分辨的手法有化学的（化学标记，特征反应，...）、物理的（光谱，吸附，电镜，...）、还有生物的（表达、重组、...），大概这三个方面的方法。
分辨完之后呢，第二步就是要梳理出功能图像了。
这时，当然工作的主体仍然是各种实验手段的进入，但面对比单纯的分辨更为微妙和复杂的功能图像的揭示任务，依然以单纯的化学或生物的实验思维模式，甚至工程系统的思维模式，来揣测细胞器层面的功能图像，现在似乎已感吃力。
我的感觉是，也许揭示功能图像这个阶段的任务，开始需要更为有力的理论生物学的进入，当然，这个地方能够用得上的理论生物学，是还有待建立的，而这个建立，就得始于：从具体的功能图像揭示工作中，寻找理论进入的方式。

为什么说这个是重要的呢？
已经广泛运用的理论模式，是一些工程控制系统的模式，以及信息控制系统的模式，例如神经网络、信号传导、遗传事件中的功能控制流程、等等。这些模式深刻地主导着实验者的先验图像构想，常常使得实验的方向，就是验证某个预设了的模式。问题是，这样的模式是否误导我们对真实过程的认识呢？最根本的问题是，真实的对象，可能超出了我们惯常所使用的一些模式的范畴。
正是这个可能性，有可能是理论生物学得以进入的地方。

问题是，如果我们的工程师们非常熟悉的那些工程控制系统的模式以及信息控制系统的模式之外，我们还可能构造哪些系统模式呢？这是一个开放性问题，我们没有理由限制自己，我们唯独需要的，只是“弄脏自己的手”，去掌握一些具体的功能图像探测过程，以得到构造模型的启示。

设想一下，如果我们的理论能够做到有效了，那么分子生物学实验也就更多地可以具有验证的属性。
只是不知道，现在是否已经诸多条件皆成熟？

[yolanda]

总觉得功能图像是对一个分子的理解的总和， 不知道怎样系统化， 或者怎样从具体到抽象进而理论化

[yijun]

问题是，如果我们看不到分子的全部呢？
对于一个细胞，我们要在分子的层面看清其全部细节，这个看清，可以是任何的可行手段，都是几乎不可能的奢望。这时，我们就开始需要理论了。
这个局势，非常类似古代牧羊人的一个局势：豢养的羊多了，用手指数不过来了，他就得学会使用算术，以便在每天清点羊群时，不至于搞不清是否丢失了羊。
同样，站在细胞的层面来看分子，其数量规模，已经是单纯的去看，所无法越过的障碍。这时，我们需要理论的帮助，帮助我们抓住要点。
其实，我最感兴趣的，是从分子到细胞，这个中间应该还存在一些层次，我们不得不在每个层次寻找到生命的特定运行方式：在大分子层次，是蛋白质的折叠、核酸的编码、渗透与扩散、...然后是一些细胞器组件，然后是...总之，我们最终是需要看到，但理论的引导作用，会越来越重要。

怎么样发展理论，我觉得关键在于，要从对实际的过程的揣摩中，构造有效的模型，然后期望得到可以知道实验的结论。
现在的问题就是，该是什么样的模型？一旦我们能够从实际实验中有所感觉，然后予以数学描述，就可以开始这个理论工作了。

[jake]

在细胞这个层面，我感兴趣的最主要的问题是：细胞的那个“我”是如何产生的。

道金斯曾经说过，把一个石头子儿扔到天空中，它将划过一道漂亮的抛物线而落地；而将一只鸟抛向空中，它会展翅高飞。这就是生命和非生命的一个明显的不同。
细胞可以说是生命特征刚好出现的一个系统。一个细菌就可以沿着葡萄糖浓度游泳到食物多的地方。这幅图景需要我们考虑，细菌为什么会具有这样一种明显区分生物与非生物的特征呢？这个特征的一个表现就是，细胞是自主跑过去的，即按照他的“自我”意识跑到那里的，那么这个“自我”是如何产生的？

现在的分子生物学进展无非会给我们回答这个问题带来更多的第一手资料，包括蛋白质组的研究。然而，正如你所说，科学家们为什么要从各种各样的流程图入手来分析蛋白质的功能呢？这背后受到了一个基本观点的影响：即信息系统的框架或者称范式。

我们都熟悉计算机的工作原理，假如我们给一个小的智能机器人编写程序，可能是这样：如果“我”遇到一个障碍物，就右拐；如果遇到电源就充电，等等。于是我们可以创造复杂的流程。分子生物学家研究蛋白质功能可能也想找到类似这样的流程。然而绘制这样的流程前提是，细胞具备了这个“自我”。于是他这个“自我”可以从上而下的指挥系统内的各个部件，包括蛋白质分子来完成一个流程瀑布。换句话说，我们是在把细胞和我们自身相比。我们可以控制我们的左手右手，依靠的就是那个“自我”。但是，人类是可以学习修改这种流程的，细胞很有可能也会。因此流程可能具有很强的可塑性，这种流程背后变化的原因是不能在流程自身找到根据的。也许，这也是我想理解细胞层面出现的“自我”的更实际一些的原因。

[yijun]

如果，我们迄今所有可能想像的自动机，都不足以令我们满意地设定为细胞层面生命的行为机制，那么我们只有虚怀等待自然给予我们新的提示，而这个提示，我觉得主要将来自细胞生物学的实验与理论研究，次要来自生命功能信息系统的理论研究。

[yijun]

在细胞生物学这个领域，现在应该是充满了机会的，甚至，我觉得，以现有的手段，完全可能挖掘出真正令人惊叹的自然造化奇观，只不过有待深思熟虑者走上前去。。。

[yijun]

看了下俱乐部最新由季燕江做的量子力学普及报告，感觉这种形式的俱乐部还是有问题。其实大巴也有类似问题，第一，当然是缺人，第二就是参与者一定要深入。不能只是发感慨。